Muchísimas gracias a todos por las respuestas!
Probaré de añadir el código que me comentas jackson666. Si me funciona bien postearé el código completo para quien lo quiera implementar en su web.
Por cierto, me preocupa si es o no seguro todo el código y si podrían subirme algo malicioso. Lo de los permisos de la carpeta de descargas es correcto con permisos 766 o debería ser 744?
Gracias de nuevo amigos, un saludo!!