comprendo tu situacion pero la verdad no se me ocurren muchas ideas. lo que opino es, ¿por qué transferir de tipo de documentos, en este caso de word a HTML? entiendo que quieres hacer una evaluacion automatica, en este caso a traves de php. no conozco las posibilidades que hay pero entre las muy pocas que conozco:
- a traves de programacion
pienso que las posibilidades estan entre lenguaje interno o de terceros. en lenguaje interno, si bien recuerdo, office utiliza un lenguaje de scripting creo que visual basic script (vbs) o incluso JScript (la version javascript de microsoft). las posibilidades que se pueden hacer en ellas no las conozco pero supongo que son bastante extensa. hasta cierto punto es bien diferente esta programacion con la que se usa para desarrollo web.
en lenguaje de terceros, tienes las extensiones de php para trabajar con documentos de office. quizas la implementacion de la extension te permita obtener los detalles que necesitas. en cualquiera de los casos no tienes que convertir el documento a HTML.
- utilidades de comparacion de documentos
existen herramientas de terceros para llevar a cabo la comparacion de un documento con otro. no es la unica opcion, pues tambien word incluye una herramienta que te detalla las diferencias entre dos documentos. en esta opcion no creo que puedas hacer una evaluacion automatica pero quizas si de una forma mas comoda. por ejemplo, en la version Office Teacher & Student 2003, en el menu Tool tienes la opcion Compare and Merge Documents. eliges el documento a comparar y obtendras los detalles de las diferencia. tampoco conozco esta herramienta porque recien me doy por enterado.
- conversion de documento
honestamente pienso que esta es la peor opcion, pero cuando no hay más pues ni modo. el problema es lo bien complicado que es obtener los datos. el ejemplo que te mostre funciona en una estructura bien simple. sin embargo, el problema de la conversion es que word no es una herramienta para edicion de documentos web, y por consecuente introduce contenido basura en el codigo fuente. intentar implementar el ejemplo en un documento convertido puede ser un reto debido a ese codigo basura, y sobre todo incompatible con los navegadores. en lo personal, no me atreveria realizar un sistema de evaluacion en esta opcion.
saca tus conclusiones de cual anternativa te es conveniente segun tus necesidades y capacidades. te recuerdo que pueden haber mas alternativas pero estas son las que se me ocurren.