No se si el id es clave primaria o no, o si forma parte de algún índice, pero te doy un código sql que puede funcionar en todos los casos.
Pasaría por ejecutar 3 querys.
1) Alterar los id de los registros 1 al 1000 sumándoles un numero que los deje mas allá del mas grande de la tabla (por si hay un índice).
Código:
update tabla set id=id+500000 where id between 1 and 1000
2) Pasar los id del 20001 al 21000 a al 1.
Código:
update tabla set id=id-20000 where id between 20001 and 21000
3) Reposicionar los id que iban de 1 al 1000 donde estaban los del 20001 al 21000.
Código:
update tabla set id=id-480000 where id between 500001 and 501000
Esa es mi idea, espero no haberme equivocado con los números.