mmm mira yo tambien soy nuevo con el fpdf, llevo como 5 dias de haberlo conocido, y pues la solucion mas optima que encontre es la siguiente, has tu consulta a tu base de datos y muestrala con html, y pones un hipervinculo con la opcion imprimir reporte o imprimir noticia
que te lleve a un archivo totalmente echo en php.
<a href='index.php?reporte.php&id=id'>Imprimir Reporte</a>
Cuando le des clic a imprimir reporte la pagina de reporte.php ara de nuevo la consulta solo que ahora no mezclas php con html , si no que solamente php. en reporte php estara todo lo que se necesita imprimir con fpdf, espero me haya logrado explicar saludos