Pregunta teórica

[Twonex]

php es un lenguaje que se ejecuta del lado del servidor
html, css y JS se ejecutan del lado del cliente, son lenguajes "gráficos"
es decir el usuario solo vera lo que tu hagas con html, css y/o js
pero nunca php (excepto errores)
por su parte php es quien ejecuta el programa y tiene la conexión a la BD
como conclusion, la suma de estos es el resultado de una pagina web

eso a grandes rasgos