Cambiar base de datos definida en hibernate.cfg.xml

[mario_chivas]

Puedes definir dos archivos de Hibernate.cfg.xml independientes, y los trabajas como si se tratasen de archivos paralelos, y vez que necesitas de una clase hibernate util donde obtines la conexion y le especificas el archivos de conexion, ha esta clase le podrias mandar un String indicandole que conexion necesitas, por ejemplo base de datos motos y carros, esta clase puede recibir esos dos valores y obtener la conexion dependiendo del valor del string, el nombre del archivo es puro formato pero le puedes poner HibernateBase1.cfg.xml e HibernateBase2.cfg.xml

Espero y esta idea general te sea de ayuda
Saludos Dios te bendiga