HyperVM te sirve para reiniciar, apagar y configurar los DNS, backups y otras funciones de tu VPS.
Veo que vas entendiendo, en efecto, Webmin sirve para manejar gráficamente la configuración de esos programas.
Webmin tiene su panel de control que se llama Virtualmin y es gratuito:
http://www.virtualmin.com/