ayuda con instalador

[RatonesPelones]

creo que hay que considerar un par de puntos en lo que tu planteas:

primero, la aplicación en cuestión es tuya? o dicho en otras palabras tu la creaste o solo es una aplicación que compraste como el office o el photoshop o algo parecido? esto te lo pregunto porque ayudaría para conocer si puedes modificar el instalador o tendrías que crear un ejecutable alterno que se encargue de esas configuraciones que señalas.

luego, a qué te refieres exactamente con "ciertas configuraciones"? resolución de pantalla, de escritorio, cerrar ciertas aplicaciones, etc. porque esto igual ayudaria bastante para poderte sugerir alternativas.

ojala puedas darnos mas información al respecto