el problema es que tu boton eliminar es submit y al hacer click, desde cualquier registro...... siempre enviara el ultimo !!
tu solucion es hacer algo asi:
cambiar el input eliminar por: <a href="elimina.php?id_prod=<?php echo $row['id_prod']; ?>">eliminar</a>
y claro, en vez de recogerlo con $_POST, ahora con $_REQUEST.
$Query="DELETE FROM pedido WHERE id_prod='".$_REQUEST['id_prod']."'";
suerte.