Hola:
En un fichero de texto no se puede insertar entre medias, sólo añadir al final. Si quieres insertar en medio o borrar trozos, la única solución es volver a escribirlo entero, metiendo los datos nuevos o quitando los eliminados.
Al ser un fichero xml, quizás te sea más cómodo usar
las clases que java te ofrece para escribir y leer ficheros xml.
Se bueno.