Buscas la funcion length(), que es igual que la strlen() para PHP, seria algo asi:
delete from tabla where lenght(PALABRA)<3
Te aconsejo echar un vistazo a la lista de funciones, encontraras muchas utiles:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/...functions.html
Yo uso mucho CONCAT(), INSTR(), LOWER(), UPPER(), REPLACE().....