Fijate el
ChangeLog de la vercion 5.3.1
Si hay algun cambio, o que halla quedado obsoleta alguna funcion que uses, de seguro hay otra funcion para reemplazarla...
Sino, puede que hallan cambiado alguna configuracion de php.ini durante la actualizacion y es por eso que te dan problemas, life time,etc. fijate.