Hola.
mira intenta lo siguiente, por que tener encendido asi tu servidor no es nada seguro,
baja este programa, se llama navicat, aqui lo encuentras
http://www.navicat.com/download/download.html
lo que vas hacer es entrar, seleccionar la bd MYSQL, despues abres la tabla USER una vez abierta creas un nuevo registro con el host y el user igual que el root, le copias el resto de los datos, la mayoria son Y y los ultimos son 0 (cero), una vez hecho esto detienes el servicio
mysqld_safe --skip-grant-tables --skip-networking& y lo inicias normalmente e intentas entrar con el nuevo usuario que creaste
suerte.
ah y como nota, cuando inicias el servidor con los siguientes parametros mysqld_safe --skip-grant-tables --skip-networking& , lo que le estas diciendo es lo siguiente:
mysqld_safe => inicia mysql de forma segura
--skip-grant-tables => inicia pero que no verifique el usuario que se esta autentificando
--skip-networking => no permitas que se inicie sesion desde red
& => para que trabaje en segundo plano