Ya esto no es un problema como tal de PHP, sino de javascript (espera a que un moderador te mueva el tema a donde corresponde), pero a ver si te puedo contestar la pregunta, ¿tu quieres que cuando le den a descargar la ventana de lightbox se desaparezca? Si es así, solo tienes que declarar el display a none, eso es lo que estas haciendo, el error mas bien yo creo que es que no encerraste el href entre comillas
Tienes que al boton o al link que tenga para descargar tambien declarar lo del display a none.