Debes insertar el script con una posición absoluta en el lugar que desees: Coloca esto dentro del body, donde quieras y cambia las medidas:
top : posición vertical (desde arriba)
left : posición izquierda
Código PHP:
<div style="position: absolute; top: 114; left: 17">
<script language="JavaScript1.2" src="menu_script.js"></script>
</div>
Cualquier duda vuelve a consultarla
