El problema es que IIS no incluye por defecto un módulo equivalente a mod_rewrite, ni acepta archivos .htaccess. Estos dos componentes son los que hacen que las URL "bonitas" funcionen.
Para IIS tendrás que crear las reglas de redirección mediante algún componente específico. Un ejemplo de componente que deberías instalar es
ISAPI Rewrite. No sé si es el mejor, simplemente es uno que encontré al buscar
mod_rewrite iis
Saludos.