No entendi muy bien cual es tu problema.
Si lo que quieres es que el archivo no pueda ser llamado desde la url directamente.. pues tendras que hacer tus validaciones en ese archivo y eso....
O si quieres evitar que sean listados los archivos de las carptas.... lo cual se soluciona creando un archivo .htaccess y poniendole esta linea: Options –Indexes
es una directiva que le dice al servidor Apache que no muestre el contenido de las carpeta, lo cual le dara un mensaje de error al usuario, especificamente el 403. Claro que el archivo .htaccess solo funcionaria en caso que tu servidor sea Apache, pero con un archivo index.html en blanco dentro de cada carpeta podria solucionarlo.
El archivo lo tienes que poner el directorio raiz. todas las carpetas que se encuentren ahi seran afectadas.
en el
foro de Apache te pueden ayudar mas con este tema