Muchísimas gracias Eternal Idol. He declarado las tablas como variable global y se ha arreglado.
Había buscado por google y leí algo de hacer malloc() o algo así pero esto me parece mucho más sencillo. Aunque declarar estas variables como globales en vez de locales no tiene mucho sentido en mi programa xD (espero que no me revisen el código
), lo importante es que funciona.