Como te decía una buena forma es usando javascript, te pongo un par de enlaces, donde ponen diferentes formas de como hacerlo.
http://forums.asp.net/t/1385869.aspx
Te recomiendo que lo hagas como el último post de abajo, un indio llamado "Contributor", es muy sencillo de entender.
ó si quieres investigar más pon en google
"message box from Code behind"
y las primeras entradas son de asp tambien es importante que las revises
SUERTE !