Hola.. lo que puedes hacer es guardar las palabras del fichero en un solo String, y luego pasarlo todo a array con el "split"
Para cargar ficheros yo utilizo el Scanner:
Código:
File archivo=new File("c:/archivo.txt");
Scanner in=new Scanner(File);
Código:
String all="";
for(;;)
{
all+=in.nextLine();
}
luego pasas la cadena a un array String[] :
Código:
String[] palabras = all.split(' ');
y luego hacer lo que quieras con ese Array...