ejercicio de mysql

[gnzsoloyo]

En tu ejemplo estás comparando el valor de EC.CodigoEquipoComputo, no con los códigos, sino con la suma del valor de los códigos que cumplen con la condición indicada.
Eso no tiene sentido.
Prueba:

Código sql:

SELECT
  P.CodigoPrograma,P.Descripcion `Programa`,
  COUNT(EC.CodigoEquipoComputo) `PCS`,
  SUM(PI.FlagTieneLicencia) AS `Pcs con licencia`
FROM
  EquipoComputo EC
  INNER JOIN ProgramasInstalados PI USING(CodigoEquipoComputo)
  INNER JOIN Programas p USING(CodigoPrograma)
WHERE
      (YEAR(EC.FechaAdquisicion) BETWEEN 2000 AND 2002) AND
      NOT (EC.CodigoEquipoComputo IN (SELECT
                                         PM.CodigoEquipoComputo
                                      FROM
                                         EquipoComputo EC
                                         INNER JOIN PlanMantenimiento PM USING(CodigoEquipoComputo)
                                      WHERE
                                         (YEAR(EC.FechaRevision)=2001)
                                      GROUP BY (PM.CodigoEquipoComputo)
                                      HAVING SUM(PM.CodigoEquipoComputo)>2
                                     )
GROUP BY P.Descripcion;
 

Simplifiqué un poco el código y le puse la relación donde tiene que ir (en el INNER JOIN y no en el WHERE).
Por lo demás, estoy de acuerdo con Serser.