Ya Quedo!!
Todo era tan simple como agregar un return false:
Código HTML:
<script type="text/javascript">
function checkCheckBox(f){
if (f.si.checked == true ){
alert('Usted Acepto las condiciones');
return true;
}
else if(f.no.checked == true){
alert('Usted No Acepto las condiciones');
location.href="http://www.miweb.com";
return false;
} else {
alert('Debe elegir alguna de las opciones para poder continuar');
return false;
}
}
</script>