No tienen diferencia alguna y lo tengo probado, ya que un cliente que tenia su dominio.com, se retraso en la renovacion, y perdio su dominio, entonces yo se lo renove con .net y en la misma cantidad de tiempo logro la misma indexacion en google. Por lo tanto tengo mas que probado que no existe diferencia.
Lo que si es importante es que tengas en tu dominio keywords que quieras posicionar, apenas comentaba en un post que mi dominio hechoenneza.com tiene buenas posiciones en mi minima competencia a la hora de que la gente busca algo en la ciudad, en una miniencuesta la gente respondio que sus busquedas para contratar algo eran mas o menos asi: "servicio" en "miciudad", entonces como mi ciudad es neza, la gente busca: Publicidad en Neza, y con esta busqueda tengo buena posicion en google, aparezco en la primer pagina y en yahoo soy el primero.
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Con esto he descubierto que lo mejor es tener parte de las palabras clave en el dominio, titulo de pagina y el H1.