Hola:
Si la empresa o el cliente tiene el logotipo, como lo dijeron antes, uno se basa en los colores del logo. Si no existe el logo yo utilizo
http://es-es.colourlovers.com/ para elegir la paleta en cuestion.
Con respecto al CMS, depende que tipo y cantidad de contenido tendrá la web, es decir, si requiere poca administración de contenidos utilizo un CMS propio, por ejemplo: edicion de noticias, galeria de fotos o de propiedades. Si se requiere algo más complejo utilizo Wordpress.
Saludos.
ARMANDOWEB.