Mmm..
Se supone que si desactivas el plug and play windows no detectara nuevo hardare, almenos en mi OS si funciona.No se que puede estar mal auque lo mejor seria que desactivaras el puerto desde el BIOS del sistema(DEL,SUPR antes del boot)
El las interupciones desactiva la que este usando, o cambiala.(Solo recomendable si sabes moverle al bios.)
En win98 con debug se puede desactivar el puerto serial que quieras pero no se si en win2k se pueda.