Realmente el problema que te hacken la web tal como te sucedió puede sucederte tanto en linux como en Windows, el problema radica que acostumbramos a guardar los password de las cuentas ftp en nuestros clientes ftps y existe un virus llamado Gumblar que busca en tu pc esas password guardados y luego los envía para se conecten usando esos datos y te modifiquen tus paginas para incluir script que infecte a los visitantes de tu sitio.
Puedes encontrar más detalles en el siguiente link:
http://www.hispasec.com/unaaldia/386...lar-los-medios
Otro problema es que los scripts de tu sitio tengan alguna vulnerabilidad y sea aprovechada.
Un consejo idro, evita usar esos contadores gratuitos que te colocan publicidad en tu sitio y pueden ser un medio para infectar tu web, desde hace algunos años ya no se usan contadores visibles en las webs.