Yo te recomiendo que te descargues el
Panda USB Vaccine es precisamente un programa para lo que estás buscando. Te protege el USB e impide que se infecte y que infectes a los pcs donde lo uses.
Puedes descargarlo del sitio oficial:
http://gratis.pandasecurity.com/
Saludos y espero haberte ayudado, yo lo tengo en mi usb de 32gb y va de lujo!