lo envio con ajax y si no tienen javascript por php normal, hice la prueba desactivando el javascript y usando solo php y me fallaba de la misma forma.
Estoy probando con lo nuevo que me has pasado y ahora parece que funciona correctamente el tema.
Haré unas cuantas pruebas más a ver si funciona, a lo mejor es que tiene algun problema por asignarle rands a las sesiones, porque antes probé asignando
Código PHP:
$numero1 = rand(1,5);
$_SESSION["numero1"] = $numero1;
No se muy bien que ocurre simplemente que al mostrar como decias
print_r($_SESSION);
Me mostraba que tenía correctamente dos variables numero1 y numero2 pero con valores distintos a los que ya tenía.
Hago pruebas y te comento :)