El
^(.*)$ se refiere a todo.
Siguiendo con el ejemplo anterior, si por ejemplo escribres en tu navegador (con tu dominio delante)
/animex/index.php?board=1.2
te redirigirá hacia:
/animex/seo4smf-redirect.php?b=1
También creo que tienes un error en esta línea
Código:
RewriteRule ^index.php/board,(.*)/genero,(.*).html seo4smf-redirect.php?b=$1&g=$3 [R=301,L]
...
donde
$3 debería ser
$2 ya que sólo tienes 2 expresiones entre paréntesis.