Yo tambien uso Firewoks, pero al exportar a flash no lo paso a gif sino q importo el mismo png desde flash, la compatibilidad entre flash y firewoks es mejor si lo haces así... Además q importa el archivo como objeto y lo puedes utilizar como tal y no como una simple imágen...
Si lo q hiciste en firewoks es recortar un Bitmap o imagen al importarlo como png tambien resulta mejor... ya q lo sigue manteniendo como objeto pero como base usa la imágen... te ahorras un paso si es q quieres usar la imagen como objeto y animarla o algo... además q la diferencia de color se hace mínima... más q un gif transparente...
Pruebalo de esa manera... si tu caso es diferente dímelo y encontramos una mejor solución...
suerte
