Si el sonido reproducido es físico producido por el sistema, no hay duda de que proviene del HDD de sistema,
Antes de nada te recomiendo que procedas a realizar una copia de seguridad de todos aquellos archivos ubicados en la unidad de gran importancia, después procede a realizar un desfragmentación del sistema, también un scandisk a la unidad atraves de la consola de comando, escribiendo CHKDSK /R /F, si aun asín persiste la inestabilidad del sistema procede a realizar un análisis del HDD con HDDRegenerator...