Ok este debe funcionar mejor para tu entorno, aparte del exceso de memoria que de antemano lo esperabamos y un poco de excesivas tablas temporales en disco todos los demás valores se ven bien.
Aquí tienes unas modificaciones que mejorarán el rendimiento:
Código:
[mysqld]
local-infile
safe-show-database
low-priority-updates
symbolic-links
log-error=/var/log/mysql/error.log
log-slow-queries=/var/log/mysql/slowquery.log
long_query_time=5
connect_timeout=10
interactive_timeout=25
max_connections=100
max_connect_errors=20
max_allowed_packet=8M
key_buffer=16M
myisam_sort_buffer_size=64M
join_buffer=1M
query_cache_type=1
record_buffer=8M
sort_buffer=24M
table_cache=256
thread_cache_size=64
wait_timeout=1800
tmp_table_size=128M
max_heap_table_size=32M
query_cache_size=128M
query_cache_limit=32M
concurrent_insert=2
open_files_limit=4096
thread_concurrency=4
En pocas palabras le he quitado donde le sobraba y le colocado más donde le faltaba.
Otro detalle, tienes un par de consultas que demoran más de 5 segundos, observa cuales son en el log y ve si es posible hacer algo al respecto, tampoco te olvides del mantenimiento de las tablas, yo uso un par de scripts que automatizan el mantenimiento de todas las tablas y bases de datos de cada servidor, apenas tenga algo de tiempo libre los colocaré