Para borrar una carpeta o archivo a través de SSH:
rm -Rf <archivo/carpeta>
Para asignar grupo y usuario a un archivo y/o carpeta:
chown usuario:grupo <archivo/carpeta>
Para asignar de manera recursiva grupo y usuario (por ejemplo a un directorio y a todos los subdirectorios)
chown -R usuario:grupo <carpeta>
Para asignar permisos a una carpeta o archivo:
chmod 777 <archivo/carpeta>
OJO: Colocar permisos 777 a una carpeta es considerado un riesgo de seguridad. Consulta si la documentación del script que estés usando lo autoriza así.
Por cierto, si el FTP te daba un error de "No autorizado" lo más probable es que con el usuario que te estés conectando no tengas permisos para ejecutar ciertos comandos en determinadas localizaciones (archivos o carpeta).
Sitúate en el directorio raíz web y escribe "ls -l" (en SSH). Una de las columnas debe devolver un dato así:
usuario:grupo
Ambos deben coincidir y deben ser el usuario por el que te conectas por FTP, es decir, el usuario de la cuenta.