Cita:
Iniciado por fobos87 
¿Cómo puedo saber si este es mi problema?
Tendrías que hacer la prueba, descargando en distintos horarios y ver si tienen un cierto "patrón de comportamiento".
Cita:
Iniciado por fobos87 ¿Existe alguna manera de revertir esto?
No.
Cita:
Iniciado por fobos87 ¿Formateando la pc se eliminaría?
No.
Cita:
Iniciado por fobos87 ¿Puedo quejarme con mi proveedor de internet?
Sí, obvio, les estas pagando.
Cita:
Iniciado por fobos87 ¿Es ilegal lo que están haciendo?
Lamentablemente, sí. Son sus servidores y, si en tu país no hay leyes que te protejan, es completamente legal.
Ahora que hiciste el test con un servidor proxy, pues mas claro esta que te están aplicando traffic shaping por descargar mucho.
Salu1+1