Tienes que hacer que tu programa se conecte a la base de datos y realice las inserciones.
Un pequeño tutorial:
http://java.sun.com/docs/books/tutor.../prepared.html
Luego puedes hacer un array de objetos Alumnos por ejemplo que contengan DNI, nombre y notas. Por cada elemento alumno contenido en el array se realizaría una sentencia insert de los datos correspondientes en la tabla en la que los quieres añadir.