de momento voy a dejar a un lado tu codigo para darte otra alternativa. se entiende que estas agregando el evento a varios elementos que tienen algo en comun. ¿que tal si en lugar de agregar el evento a cada elemento realizas un solo listener para todos los enlaces? por supuesto, requiere que tu enlaces apunten a los documentos pdf pero de esta forma te evitas practicamente dos o tres pasos: el bucle, el array con las direcciones.
Código:
document.onclick = function(evt){
var evt = evt || event, elem = evt.target || evt.srcElement; // DOM || IE;
if(!(/^a$/i.test(elem.nodeName) && /\.pdf$/i.test(elem.href)))return;
self.open(elem.href, "ventanaDatos", "width=450,height=500");
return false;
}
la funcion verifica si el evento fue activado en un enlace y éste tiene como ruta un documento pdf. no es necesario que lo agregues al objeto document, puede ser a un elemento en particular, como por ejemplo un elemento que contenga todos los enlaces pdf. si no te sirve, pues nada, trabajamos con tu codigo.