Debes tener en cuenta que lo que haces con Ajax es generar una nueva petición al servidor, por eso, ya no tiene nada que ver con el código PHP que se ejecutó para generar la página activa. En cuanto a ejecutar el código Javascript que se recibe en la respuesta, lee esto:
http://www.forosdelweb.com/f77/howto...e-ajax-510438/
Sobre el tipo de dato recibido, el único tipo de dato que el objeto XMLHttpRequest() procesa nativamente es XML (responseXML) Otros formatos de datos como
JSON debes procesar manualmente a partir del texto plano (responseText)