Prueba con este, recuerda hacer el backup del archivo original y reiniciar mysql (puedes hacerlo desde whm)
Código:
[mysqld]
local-infile
safe-show-database
low-priority-updates
symbolic-links
log-error=/var/log/mysql/error.log
log-slow-queries=/var/log/mysql/slowquery.log
long_query_time=5
connect_timeout=10
interactive_timeout=25
max_connections=500
max_connect_errors=20
max_allowed_packet=8M
key_buffer=32M
myisam_sort_buffer_size=64M
join_buffer=4M
record_buffer=8M
sort_buffer=24M
table_cache=256
thread_cache_size=64
wait_timeout=1800
tmp_table_size=64M
query_cache_size=64M
query_cache_limit=16M
concurrent_insert=2
open_files_limit=4096
thread_concurrency=4
Nota que he bajado las conexiones max a 500 al parecer tu base de datos no recibe una gran cantidad de conexiones simultáneas y es más bien una base de datos pequeña, estos ajustes deben ayudar y darte algún margen para crecer
Asegurate de que estos archivos existan antes de realizar los cambios
log-error=/var/log/mysql/error.log
log-slow-queries=/var/log/mysql/slowquery.log
Si no existen puedes crearlos con:
mkdir /var/log/mysql # rs normal un error si ya existe
touch /var/log/mysql/error.log
touch /var/log/mysql/slowquery.log
cd /var/log/mysql
chown mysql:root slowquery.log error.log
ls -la #para confirmar que existen y tienen el propietario correcto
La sugerencia de Vun es muy buena (la de las consultas pesadas no la de cortarte nada) por eso le he puesto un log a las consultas que toman más de 5 segundos que es /var/log/mysql/slowquery.log y debes hacerle mantenimiento a las bases de datos, la forma más fácil es usar phpmyadmin
Mi consejo es que realices los cambios, dejes correr el sistema 48 horas y luego vuelvas a correr los scripts que recomendé para mysql para analizar un poco el rendimiento.
Existe mucho más que se puede hacer, sin embargo lo hecho hasta ahora ayudará y como has visto no es nada tan difícil que un usuario novato con un poco de asesoría no pueda hacer.
NOTA: Los ajustes aquí mostrados son específicos para el servidor de kepardox y su patrón de uso. NO FUNCIONARÁN BIEN EN OTROS SERVIDORES O CON DIFERENTES CONDICIONES DE USO.
Cualquier otra duda, avísame