Porque en realidad los dos estan checked y el segundo es el último que se muestra seleccionado. Esa forma que estas haciendolo es un formato que te pide xHTML para que sea valido, para que solamente sea checked uno tienes que hacerlo algo así
Código PHP:
Ver original<?php
$primero = "checked='checked'";
$segundo = "";
?>
<input name="tienedominio" type="radio" value="si" <?php echo $primero; ?> />
<input name="tienedominio" type="radio" value="no" <?php echo $segundo; ?> />