desde CPanel las tienes que añadir manualmente, la mejor forma es desde apache directamente
Código APACHE:
Ver original<VirtualHost *>
DocumentRoot /www/docs/foo.com/user #Lugar donde esta la web
ServerName *.foo.com #Véase el asterisco el cual es el comodín que equivale a cualquier subdominio.
ServerAlias host
</VirtualHost>
Después modificando el archivo php anteriormente mencionado para que pueda coger el subdominio y meterlo en una variable, claro que siempre y cuando tengas acceso a apache.