Problema al pasar codigo en C/C++ a Java

[cristianll]

Hola a todos, tengo una tarea y debo pasar un código escrito en C/C++ a Java, lo que he hecho me queda de la siguiente manera:

El código en C/C++ es:

Código:

#include <stdio.h> 
 
int Bit() { 
   char c; 
   scanf(" %c", &c); 
   return c-'0'; 
} 
 
int Len() { 
   int len; 
 
   len = 4*Bit(); 
   len += 2*Bit(); 
   len += Bit(); 
 
   return len; 
} 
 
int Code(int len) { 
   int val=0, i, pow2=2, base=0; 
 
      /* read in the bits */ 
   for (i=0; i<len; i++) { 
      val = val*2 + Bit(); 
   } 
      /* val now contains the decimal representation of the bit code */ 
      /* now figure out that code's place int the sequence */ 
   for (i=0; i<len-1; i++) { 
      base += pow2-1; 
      pow2 *= 2; 
   } 
 
      /* if val is all 1's ( (2^n)-1 ), end here, return -1 */ 
   if (val == pow2-1) { 
      return -1; 
   } else { 
      return val + base; 
   } 
} 
    
 
int main() { 
   char header[300]; 
   int len; 
   int code1; 
 
   while (scanf(" "), 1==scanf("%[^\n]", header)) { 
      while (len = Len(), len) { 
  while (code1 = Code(len), code1 != -1) { 
     putchar(header[code1]); 
  } 
      } 
      putchar('\n'); 
   } 
 
   return 0; 
}

El programa en Java me está quedando así

Código:

package messagedecoding;

import java.io.IOException;

public class Main {

    public static void main(String[] args) throws IOException {
        Header header = new Header();
        header.putCharAndShowMessage();
    }
}

Código:

package messagedecoding;

import java.io.IOException;
import java.util.Scanner;

public class Header {
    int i=0,u=-1,len,code1;
    Code code = new Code();

    public void putCharAndShowMessage() throws IOException{
        System.out.println("Ingrese la cabeza de caracteres");
        Scanner reader = new Scanner(System.in);
        System.out.println("1");
        String header = reader.nextLine();
        System.out.println("2");
        if(header.length()>300){
            System.out.println("3");
            header=header.substring(0,300);
            System.out.println("4");
        }
        System.out.println("Ingrese el mensaje codificado en código binario todo en una línea");
        while(header.charAt(i)!='\n'){
        len=(int)code.Len();
        System.out.println("len inicializada");
            while(len!=0){
                System.out.println("len verificada");
                code1=(int)code.Code(len);
                System.out.println("code1 inicializado");
                while(code1!=u){
                    System.out.println("1's String verificado");
                    System.out.println(header.charAt(code1));
                }
            }
            i+=1;
            System.out.println('\n');
    }
}
}

Código:

package messagedecoding;

import java.io.*;
import java.util.Scanner;

public class Code {
    int len,i,val = 0,base = 0,pow2 = 2,d;
    char c;

    public int Bit() throws IOException{
        Scanner reader = new Scanner(System.in);
        c=(char)reader.nextByte();
        System.out.println("a");
         return c-'0';
    }

    public int Len() throws IOException{
        len = 4*Bit();
        System.out.println("b");
        len += 2*Bit();
        System.out.println("c");
        len += Bit();
        System.out.println("d");
        return len;
    }
    
    public int Code(int len) throws IOException{
        for(i=0;i<len;i++){
            val = val*2+Bit();
            System.out.println("e");
        }
        for(i=0;i<len;i++){
            base += pow2-1;
            System.out.println("f");
            pow2 *= 2;
            System.out.println("g");
        }
        if(val==pow2-1){
            return -1;
        }else{
            return val+base;
        }
    }
}

Ahora cuando corro el código en NetBeans me aparece lo siguiente:

Código:

run:
Ingrese la cabeza de caracteres
1
TAN
2
Ingrese el mensaje codificado en código binario todo en una línea
0
a
b
0
a
c
1
a
d
len inicializada
len verificada
code1 inicializado
1's String verificado
T
1's String verificado
T
1's String verificado
T

Hay algunos prints que los uso para guiarme si ejecuta bien las líneas, ahora el problema es que yo quiero ingresar en ves de cada caracter binario uno por uno, debo de ingresarlo todo junto, además nose cuál es el problema que me entra en un bucle infinito el código, nose si alguien sabe cuál puede ser la causa, capaz la forma de leer en el método Bit() de la clase Code, no estoy muy relacionado con la entrada salida en Java. Gracias!

Si quieren saber que hace el programa, aquí les dejo el enunciado, está en inglés el problema:

Código:

Message Decoding 

Some message encoding schemes require that an encoded message be sent in two parts. 
The first part, called the header, contains the characters of the message. The second part 
contains a pattern that represents the message. You must write a program that can decode 
messages under such a scheme.

The heart of the encoding scheme for your program is a sequence of ``key" strings of 0's
 and 1's as follows:



The first key in the sequence is of length 1, the next 3 are of length 2, the next 7 of length 3,
 the next 15 of length 4, etc. If two adjacent keys have the same length, the second can be 
obtained from the first by adding 1 (base 2). Notice that there are no keys in the sequence 
that consist only of 1's.

The keys are mapped to the characters in the header in order. That is, the first key (0) is 
mapped to the first character in the header, the second key (00) to the second character 
in the header, the kth key is mapped to the kth character in the header. For example, 
suppose the header is:

AB#TANCnrtXc

Then 0 is mapped to A, 00 to B, 01 to #, 10 to T, 000 to A, ..., 110 to X, and 0000 to c.

The encoded message contains only 0's and 1's and possibly carriage returns, which are 
to be ignored. The message is divided into segments. The first 3 digits of a segment give 
the binary representation of the length of the keys in the segment. For example, if the first
 3 digits are 010, then the remainder of the segment consists of keys of length 2 (00, 01, or 10).
 The end of the segment is a string of 1's which is the same length as the length of the keys in 
the segment. So a segment of keys of length 2 is terminated by 11. The entire encoded message 
is terminated by 000 (which would signify a segment in which the keys have length 0). The 
message is decoded by translating the keys in the segments one-at-a-time into the header
 characters to which they have been mapped.

Input

The input file contains several data sets. Each data set consists of a header, which is on a single
 line by itself, and a message, which may extend over several lines. The length of the header is 
limited only by the fact that key strings have a maximum length of 7 (111 in binary). If there are 
multiple copies of a character in a header, then several keys will map to that character. The 
encoded message contains only 0's and 1's, and it is a legitimate encoding according to the 
described scheme. That is, the message segments begin with the 3-digit length sequence and 
end with the appropriate sequence of 1's. The keys in any given segment are all of the same 
length, and they all correspond to characters in the header. The message is terminated by 000.

Carriage returns may appear anywhere within the message part. They are not to be considered
 as part of the message.

Output

For each data set, your program must write its decoded message on a separate line. There 
should not be blank lines between messages.

Sample input

TNM AEIOU
0010101100011
1010001001110110011
11000
$#**\
0100000101101100011100101000 
Sample output

TAN ME
##*\$

Algo del enunciado en español:

Código:

DECODIFICADOR DE MENSAJES
Algunos esquemas de mensajes codificados requieren que el mensaje codificado sea enviado
 en dos partes.  La primera parte llama cabeza contiene los caracteres del mensaje. La segunda
 contiene un modelo que representa el mensaje.
La cabeza del esquema codificado para su programa es una secuencia de cadenas llave de 0 y 1.
La primera llave en la secuencia es de longitud 1, las próximas 3 son de longitud 2, las próximas
 7 son de longitud 3, las próximas 15 son de longitud 4, etc. Si 2 llaves adyacentes tienen la misma 
longitud, la segunda llave puede ser calculada de la primera sumándole 1 en base 2. No hay llaves 
en la secuencia que consten solamente de 1.
Las llaves son mapeadas a los caracteres en la cabeza en orden. Esto es, la primera llave (0) es 
mapeada al primer caracter en la cabeza, la segunda llave (00) es mapeada al segundo caracter 
en la cabeza, la kllave es mapeada al kcaracter en la cabeza.
El mensaje codificado tiene solo 1 y 0 y las posibilidades de carry son ignoradas. El mensaje es 
dividido en 2 segmentos. Los 3 primero dígitos de un segmento dan la representación binaria de 
la longitud de las llaves en el segmento. Por ejemplo, si los 3 primeros dígitos son 010, luego lo 
siguiente del segmento consiste en llaves de longitud 2 (00,01 o 10). El final de 1 segmento es 
una cadena de 1 que es la misma longitud que la de las llaves en el mismo, entonces un segmento 
con llaves de longitud 2 termina con 11. El código codificado completo finaliza en 000 (que significará 
un segmento en que las llaves tienen longitud 0). El mensaje es decodificado traduciendo las llaves 
en los segmentos uno a la vez en la cabeza de caracteres que han sido mapeados.

Gracias!