Deberias de añadir un reenviador condicional en cada servidor para que los servidores DNS sean capaces de resolver las consultas a los nombres de las máquinas de distinto dominio.
Te dejo un enlace por si te quieres empapar del tema,cualquier duda preguntas,un abrazo
http://technet.microsoft.com/es-es/l...72(WS.10).aspx