Mira en mi vida he usado After Effetcs pero me imagino que tienes una opción para importar en flv, y también me imagino que tiene una opción para variar la calidad del archivo, para que no quede pixelado como dice el compañero
waslala. También deberías decirnos cuanto dura tu película, si es muy larga no importa el formato y calidad que uses de todas formas va a pesar considerablemente.
Saludos