Cita:
Iniciado por huspy 
... Pero no es así. Lo que tengo es una clase Main que muestra un JFrame, es decir no es un JPanel lo que contiene la aplicación sino un JFrame. ...
Realmente el único objetivo de tenerlo en un JPanel es que no tienes que escribir el código dos veces en diferente lugar; una dentro del JApplet y otra dentro del JFrame. (El JApplet tiene casi las mismas características del JFrame y puede contener los mismos controles).
Cita:
Iniciado por huspy ... Como podría hacerlo para que herede de JPanel en vez de JFrame y que este se cree en el main y le añada el panel (como te comente en un principio). ...
Tienes que crear un JPanel y sobre este agregar todos los controles que necesites, posiblemente todos los que tienes actualmente dentro del JFrame, después es solamente de agregarlo (el JPanel) al JFrame o al JApplet como está en el vínculo que mostré al principio.
Cita:
Iniciado por huspy ... Lo unico que veo es que no se podrá poner el JMenú y la barra de progreso no? ...
El JMenuBar no es posible agregarlo al JPanel directamente, puesto que el JPanel no es un contenedor principal (no es un JRootPane, que es el que usa JFrame y JApplet), pero si lo puedes agregar (el JMenuBar) al JFrame y al JApplet directamente. La barra de progreso JProgressBar es un JComponent como cualquier otro que se puede agregar al JPanel.
Saludos,