en javascript no hay nada que se pueda hacer. quiero decir, en javascript harias lo mismo que hicieras en css, pero es css quien realmente se encarga de ese aspecto. me extraña mucho que no te funcione. a continuacion un ejemplo lo mas reducido posible. si me dices que aun asi ves el borde, simplemente no te lo voy a creer. mis disculpa por esa...
Código:
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'http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd'>
<html xmlns='http://www.w3.org/1999/xhtml'><head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Test Development</title>
</head>
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<input type="text" style="border:0;" value="un texto para que sea visible el campo" />
</body></html>