Hola
Los archivos los colocas en una carpeta llamada WEB-INF > classes
Ese es el classpath para una aplicacion java que corra en Tomcat.
No voy a entrar en detalles del funcionamiento pero si te puedo dar un link que acabo de buscar para ayudarte. De seguro si googleas para buscar más info vas a encontrar bastante material...
http://www.programacion.com/tutorial/tomcatintro/
Saludos