Practicamente es lo que yo estoy haciendo, claro que en el camino te encuentras con cada piedra...
Joomla es totalmente personalizable. Con tal solo saber el nombre del modulo y su posicion, puede uno modificar todo.
Para mi caso, yo utilizo tablas, porque quiero q la Web este seimpre centrada. Lo demas es trabajo de las css.
Un tip aparte, trabaja tu web de manera normal, te recomiendo Firefox desde el inicio. Una vez terminado y listo, lo pruebas el Internet Explorer. Si vez que algo no da, muy movido o etc etc, haces un css especial para IE.
<jdoc:include type="component" style="rounded" /> --> con esto llamas a cualquier modulo, donde dice
type="" escribes si es "user1" ó 2 - etc, "left", bueno, si ya has utilizado joomla te sabras esto de memoria y seras capaz de crear tu propio template a tu manera.
Una manera facil de crear un template, es trabajar con Firebug, cada vez que llamas a un modulo, este se interpreta en un html, el cual se escribe como <div> ó <table>, etc. Y si te das cuenta cada tag ya viene con su respectiva clase o id, cosa facil de manipular en un css.....
Ufff es un monton a explicar... Leete el manual XD