puedes encontrar framework portables pero sin OS imposible, tendrias que escribir tu propio framework que hiciera de OS (todo en la arquitectura que deseas que funcione y hacerlo en ensamblador) y soporte para .net. que no es lo mismo que tener chipsets que soporten .net (que ya los hay).
.net sin OS imposible, es mas c++ sin OS es imposible.
ese tipo de utilidades de disco tienen msdos y si consigues una version del framework portable podras ejecutarlo.
PD: estas versiones de framework como
http://www.gnu.org/software/dotgnu/pnet.html no avaladas por microsoft o mono pues tiene muchas limitantes y pocas garantias.