Hola,
Posiblemente 'astyle', da formato a lenguajes como C, C++, Java y C#.
Funciona como linea de comando en la consola, en Windows o Linux.
En Linux y Cygwin está en casi todos los repositorios. En Windows, descargas el código fuente de sourceforge.net y dentro ya viene un compilado .exe para DOS (simbolo del sistema).
Es el que uso para dar formato antes de postear en forosdelweb
(a veces), hice un macro en Notepad++ para ejecutar ese comando y cuando termina el macro Notepad++ me dice si quiero recargar el archivo porque fue modificado externamente.
Normalmente uso el de NetBeans o Eclipse para mi código, en los dos creo que puedes modificar la 'forma' en que les da formato a los archivos.
Saludos,