Hola,
Posiblemente, algunas opciones,
- Compartir el directorio en la red y usar File para copiarlos a ese directorio (Intranet solamente). Windows te puede montar en una unidad E: F: etc., Linux lo monta en un directorio compartido /dev/share/server1. etc.
- Instalar un servidor FTP, en el servidor, para subir los archivos.
- Hacer una aplicación Web que reciba archivos por el método POST.
- Hacer una aplicación en el servidor, con Sockets, que permita subir archivos. Es decir, hacer tu propio sistema y protocolo de comunicaciónes para subir archivos.
En las tres últimas necesitarías grandes modificaciones a tu código,
No se me ocurren más ....
Saludos,